После обфусцирования с помощью .NET Reactor 5.9.8 возникло исключение при попытке автоматической десериализации xml файла. Изначально файл был сериализован с помощью необфусцированной версии, что, возможно, послужило причиной возникновения ошибки (а может и нет). Но в рамках обратной совместимости, необходимо подерживать ранее созданные файлы.

Отлов исключения показал следующее:
  Возникла ошибка при отражении типа "..." в System.Xml.Serialization.XmlReflectionImporter.ImportTypeMapping(...)
Внутреннее исключение:
  Не удается сериализовать член "Devices" типа "System.Collections.Generic.List...". Дополнительные сведения см. во внутреннем исключении.
Следующее внутреннее исключение содержит необходимые сведения:
  IveprCalculator.Models.Device недоступен в силу его уровня защиты. Возможна обработка только общих типов.

Это значит, что обфускатор отметил все возможные публичные классы как internal (если включить данную настройку).

Решение: найти параметр исключений в настройках обфускации и указать, что классы-сериализаторы (например, у меня были задействованы три класса) не должны быть обфусцированы и не должны быть отмечены internal.